学院前身是1958年7月农学系增设的土壤农业化学专业，学制四年；

1972—1976年“工农兵学员上管改”期间，改为“土壤改良专业”，学制三年；1977年恢复高考后，恢复土壤农业化学专业；

1994年增设招收农业环境保护专业，

1999年改为“农业资源与环境”专业，

2000年11月成立资源与环境科学学院。

2001年增设环境科学专业，并于2001年开始招生。

2002年至2004年曾设置资源与环境、资源环境与城乡规划管理2个专科专业，2005年设置资源环境与城乡规划管理本科专业，当年开始招生。

资源与环境科学学院自成立设置四个系：土地资源系、环境科学系、土壤科学系和植物营养与肥料科学系。经过近10年的发展，为适应学校学科建设的需要，土地资源学科方向融合学校相关学科于2010年5月组建国土资源学院。为谋求新的发展，到2011年12月，资源与环境科学学院设置植物营养调控、农业环境安全、农田土壤养护三个学科平台。2019年1月调整设置土壤科学系、植物营养系、环境科学系。